Цирконий{0}}съдържащият естествен силикат ZrSiO4, известен като циркон или зюмбюл, е широко разпространен в природата и може да се похвали с разнообразие от красиви цветове, вариращи от оранжево до червено. От древни времена се смята за скъпоценен камък. Твърди се, че думата "циркон" произлиза от арабската дума "zarqūn", което означава цинобър, или от персийската дума "zargun", което означава злато. „Хиацинт“ идва от гръцката дума за „лилия“. Шри Ланка, островна държава в Индийския океан, е богата на циркон. Скъпоценните камъни, съдържащи циркон, под формата на циркон, са известни от древни времена.
През 1789 г. германецът М. Х. Клапрот, докато изучава циркона, открива, че чрез сливането му с натриев хидроксид, разтварянето на охладеното вещество в солна киселина, добавянето на калиев карбонат към разтвора, утаяването му, филтрирането и промиването на утайката, след това кипването на утайката със сярна киселина и филтрирането на силициевите оксиди, той не открива калций, магнезий, или алуминиеви оксиди във филтрата. При добавяне на калиев карбонат към разтвора се появява утайка. Тази утайка не се разтваря в алкални разтвори като алуминиевия оксид, нито реагира с киселини като магнезиевия оксид. Клапрот стигна до заключението, че тази утайка не прилича на всеки известен преди това оксид и се състои от циркон (циркон на немски). Скоро след това френските химици de Morueau и Vauquelin потвърдиха, че анализът на MH Klaproth е правилен. Латинското име на елемента е Zirconium, символ Zr, преведен като цирконий на китайски.
През 1808 г. Х. Дейви от Англия се опитва да разложи циркониеви съединения с помощта на електрически ток, но не успява. През 1824 г. JJ Berzelius от Швеция за първи път произвежда метален цирконий чрез редуциране на K₂ZrF₆ с калий, но той не е достатъчно чист. Формулата на реакцията е: K₂ZrF₆ + 4K=Zr + 6KF. Тази реакция може също да използва натрий като редуциращ агент. Едва през 1914 г. двама изследователи, Лели и Хам Брюгер, от холандски производител на метални лампи с нажежаема жичка, получават чист метален цирконий чрез поставяне на безводен циркониев тетрахлорид и излишък от метален натрий в куха сфера и нагряване до 500 градуса с помощта на електрически ток.
Напълно чист цирконий не е произведен до 1925 г. от холандските химици Антон Едуард ван Аркел и Ян Хендрик де Боер чрез разлагане на циркониев тетрайодид (ZrI₄). След това цирконият се произвежда масово-чрез нагряване на циркониев тетрахлорид с магнезий.